あるフォルダの中にあるファイルのサイズの合計と、フォルダ全体が占めている容量とが、違っていることがあるようなのですが……

可能性としては、隠しファイルが存在するか、FATのせいということが考えられます。

Windowsでは、ある種のファイルを表示しない設定にすることができます。

解除するには、
エクスプローラで[表示]−[オプション]−「表示」で
「すべてのファイルを表示」の項目にチェックを入れて下さい。

これで、隠されていたファイルも見えるようになります。

また、WindowsではFATというファイルシステムを使用している関係から、
実際のファイルのサイズよりも大きな容量を必要とすることがあります。

特に多数のファイルをフォルダに入れてある場合には、
何十MBもの「余分な容量」を使ってしまうことも考えられます。